Habib Ali pernah berkata, “Dahulu ketika berdakwah kepada para petani di ladang mereka, ayahku mengajak lima orang muridnya. Sesampainya di ladang, ayahku berkata kepada murid-muridnya, “Gantikanlah pekerjaan mereka mengolah dan mengairi ladangnya, sehingga mereka bisa datang ke sini dan aku dapat mendidik mereka.”
Ini adalah ide cemerlang, bahkan pada zaman ini mungkin tidak ada yang menggunakan metode yang demikian indah di dalam dakwahnya. Habib Muhammad tidak ingin mengganggu kesibukan dan waktu sang petani, tetapi ia tidak dapat membiarkan mereka tenggelam dalam kebodohan.
Dalam berdakwah Habib Ali selalu menggunakan prinsip prasangka baik. “Ketahuilah setiap orang yang menganggap bahwa hanya dirinya yang memiliki kelebihan, nasihatnya tidak akan bermanfaat. Namun orang yang memandang bahwa mereka yang dinasihati lebih mulia, nasihatnya akan memberikan manfaat dan membekas dalam hati. Adapun aku, nasihatku pertama kali kutujukan kepada diriku sendiri, aku tidak pernah melihat kecuali pada diriku sendiri, bukan pada orang lain.”
Inilah jiwa dai yang mewarisi sifat kasih Nabi. Sebagaimana Rasulullah SAW menginginkan seluruh umatnya masuk surga, Habib Ali pun mengharapkan semua orang masuk surga dan tak ada satupun yang disiksa. Ia berkata, “Aku memiliki cita-cita, tidak ada seorang pun yang hidup sezaman denganku disiksa, dan hal ini tidaklah sulit bagi Allah.” Ucapan ini ia buktikan dengan tindakan.
Setiap malam sebelum tidur, ia selalu memaafkan semua orang yang berbuat kesalahan kepadanya dan memintakan ampunan bagi seluruh umat Islam.
Di samping berilmu tinggi dan berakhlak mulia, Habib Ali juga dikenal sebagai ahli ibadah yang tak kenal lelah. “Sewaktu menjadi Imam di masjid Hambal, dalam salat tarawih kubaca 10 juz. Setiap rakaat I juz. Aku tidak merasa lelah, begitu pula makmumku.”
Kegigihan Habib Ali membuahkan hasil. Meski masih muda, ia telah memperoleh tempat terhormat dan menjadi pusat perhatian masyarakat.
Selain berguru kepada orang tuanya, ia memiliki banyak guru yang tak terhitung jumlahnya. Namun guru utamanya adalah Habib Abubakar bin Abdullah Alatas. Hubungan antara guru dan murid ini tak dapat dilukiskan dengan kata-kata.
Pertemuan pertama Habib Ali dengan Habib Abubakar terjadi di kota Syihr, ketika ia hendak menunaikan ibadah haji. Saat itu Habib Ali ditemani sahabat sejatinya, Habib Hasan bin Ahmad Alaydrus.
Habib Ali berkata, “Ketika pertama kali bertemu Habib Abubakar, jantungku hampir saja copot, kulihat beliau diliputi cahaya, lelaki ini manusia, atau Malaikat?” kataku dalam hati. Malam harinya aku tidak dapat tidur, khawatir jika suatu saat nanti aku harus berpisah dengannya.”
Dalam kesempatan yang lain, dia berujar, “Dahulu saat hadir dalam majlis Habib Abubakar Alatas, andaikata majelis itu berlangsung selama satu tahun, aku tidak akan berpikir tentang masalah makan dan minum. Bahkan kehidupan dunia tidak sedikit pun terlintas dalam hatiku. Saat itu aku bergelimang kenikmatan.”
Habib Ali juga pernah berkata Habibah Khadijah, putrinya, “Duhai putriku, engkau tidak pernah bertemu Habib Abubakar, tetapi kita semua mencintainya. Habib Abubakar pernah berkata,
“Orang yang mencintaiku adalah orang yang berbahagia dan saleh. Kelak di hari kiamat, diriku, sahabatku, dan para pecintaku akan berada di bawah naungan Arasy.”
